גיא שמיר הוא אחד השחקנים השנויים במחלוקת בתולדות הפועל פ"ת, בשל ייחוסו המשפחתי - הוא בנו של מאיר שמיר, שהיה הבעלים והאיש החזק במועדון החל מעונת 1996/97, העונה בה החל לשחק בקבוצה. בעונה זו עדיין תפקד כשחקן ספסל בלבד, עד שלקראת אמצע עונת 1997/98 החל לעלות במשך מספר משחקים בהרכב הראשון.
אין ספק כי נקודת הפתיחה שלו בכל מה שנוגע לאופן בו ראה אותו הקהל היתה בעייתית, ומכיוון שלא הציג יכולת גבוהה הוא סומן במהרה כמי שמשחק בחסד ולא בזכות. מצב זה הוביל לאירוע מעניין בדרבי שנערך במחזור ה-19 של עונה זו - שמיר נכנס בדקה ה-61 במקום בני קוזושווילי האהוב, מה שהוביל לשריקות בוז מן היציעים. כעבור שתי דקות בלבד, התחלפו השריקות בשאגות שמחה, לאחר שהוא כבש בנגיחה שער יתרון, הראשון שלו בקריירה, בדרך לניצחון 0:2 בסיום.
עונה לאחר מכן התנדנד שמיר בין הספסל למגרש, והאירוע הבולט בכיכובו שוב הגיע בדרבי, שני מחזורים לסיום העונה. הוא נכנס כמחליף בפיגור של 2:1, ותשע דקות לפני שריקת הסיום הצליח לכבוש שער שוויון, גם הוא בנגיחה. הוא חגג את השער בהורדת חולצה, מה שזיכה אותו בכרטיס צהוב, וכעבור חמש דקות ביצע עבירה, ראה צהוב שני והורחק מן המגרש.
עונת 1999/2000 היתה עונת הפריצה שלו, כשהפועל רצה בצמרת והוא תפס מקום קבוע בהרכב. המשחק היחיד בו נכנס כמחליף היה הדרבי שנערך במחזור החמישי, והוא שוב כבש בו - הפעם שער ניצחון מדהים ממרחק של כמעט שלושים מטרים, דקה לסיום. בסופו של דבר כבש חמישה שערים בעונה זו, והעתיד נראה מבטיח.
למרבה הצער, מצב זה לא נמשך לאורך ימים. הקבוצה לא הצליחה להמשיך לרוץ בצמרת בעונות הבאות, ושמיר לא שיחזר את היכולת שלו מעונה זו בהמשך הדרך. הקהל, שמלכתחילה היה חצוי בדיעותיו לגביו, החל לגלות חוסר סבלנות בכיוונו, יחס שבהחלט ניתן להבין - הקבוצה עברה מהפכות בסגל על בסיס קבוע באותן שנים, כשלא מעט שחקנים טובים משמיר משוחררים אחרי תקופה קצרה למדי בקבוצה, בזמן שהוא היה אחד הבודדים שמקומו נראה מובטח. לטעון שאין קשר בין הייחוס המשפחתי שלו ובין מצב זה, תהיה היתממות.
מערכת היחסים הבעייתית בין השחקן לקהל הגיעה לשפל במשחק מול בני יהודה במחזור ה-14 של עונת 2004/05. שמיר הורחק בתחילת המשחק, וחלק מהאוהדים הגיבו בקריאות שמחה.
בסיום עונה זו הודיע מאיר שמיר כי הוא עוזב את הקבוצה, וגיא שמיר עבר למ.ס אשדוד. הוא פתח שם בשבעה משחקי ליגה ונכנס כמחליף בשניים נוספים, אך באמצע העונה חזר להפועל. בפגרה שלקראת עונת 2006/07 חתם במפתיע במכבי ת"א, שם שיחק חצי עונה לפני שעבר למכבי הרצליה.
