העונה השנייה ברציפות תחת הדרכתו של ניר לוין נפתחה במשחק במסגרת גביע אופ"א מול פלורה טאלין מאסטוניה, שנערך בראשל"צ עקב שיפוצים באצטדיון בפ"ת. כ-3,000 אוהדים ראו את גאבור מרטון מנצח את המשחק בדקה ה-90 עם שער בבעיטה חופשית ובגומלין הושלם ניצחון כפול, 1:2. המפגש הבא היה מול ויילה, סגנית אלופת דנמרק. המשחק בדנמרק הסתיים בתיקו מאופס ובגומלין בפ"ת אצטדיון מלא באוהדי הפועל עזר לדחוף את הקבוצה למשחק מצוין וניצחון 0:1 שהיה יכול וצריך להיות גבוה בהרבה.
בשלב הבא הפועל הוגרלה מול ראפיד וינה האוסטרית, והפסידה 1:0 במשחק הראשון באוסטריה. מוטי קקון העלה את הפועל ליתרון 0:1 מפנדל במחצית הראשונה של הגומלין ונראה היה שהדרך לשלב הבא סלולה לאחר שאיפואה מ-וינה זרק כדור על באדיר והורחק, אבל דווקא אז, מיד לאחר שעופרי הגיע להזדמנות קורצת והחטיא את המסגרת, הצליחו האוסטרים להשוות והפועל סיימה את דרכה במפעל.
בליגה הפתיחה היתה לא מוצלחת, לאחר שבשני המשחקים הראשונים מול מכבי חיפה ובני יהודה הפועל עלתה ליתרון משערים של מוטי קקון ושלטה בשדה המשחק אך ירדה מנוצחת בשניהם, 4:1 ו-2:1 בהתאמה. לאחר מכן התאוששה הקבוצה עם ארבעה ניצחונות רצופים (כולל נצחון ראשון על מכבי ת"א מאז עונת 94') ובסה"כ 7 ניצחונות ו-3 תוצאות תיקו בעשרת המחזורים הבאים שקידמו אותה עד למקום השלישי, מרחק נגיעה מן המובילות בית"ר י-ם והפועל ת"א, אך הפסדים מול הרצליה והפועל ת"א דרדרו אותה עד למקום החמישי, ממנו לא זזה עד תום העונה. החלוץ הארמני, ארמן שחגולדיאן, הובא לקראת סיום הסיבוב על תקן זר שלישי בנוסף למרטון וכרישטופיק, אך אכזב ושוחרר לאחר 5 משחקים ואפס שערים.
הסיבוב השני היה רע למדי, עם יותר הפסדים מניצחונות, ורק ניצחון 0:2 בדרבי ו-2:3 על הפועל י-ם במחזור האחרון אחרי פיגור 2:0 במחצית היוו נקודות אור. ממשחקי הגביע הודחה הפועל לאחר הפסד ביתי ברבע הגמר לעירוני אשדוד, 2:0, שקדמו לו נצחונות על בית"ר ת"א והפועל כפ"ס.
