מיכאל זנדברג נרכש ע"י הפועל פ"ת ממחלקת הנוער של הפועל ר"ג כשהיה בן 17, והחל לשחק בקבוצה הבוגרת בשלהי עונת 1997/98, כשכבר במשחקו השני הספיק להבקיע שער ניצחון לרשת הפועל כפ"ס.
בעונת 1998/99 לא זכה ליותר מדי הזדמנויות מהמאמן גיורא שפיגל, עקב ריבוי שחקנים כשרוניים ומנוסים יותר בקישור הקבוצה, אבל לקראת סיום העונה השתנו פני הדברים והוא החל לעלות בהרכב, ואף כבש שער יפה מאד בניצחון 2:3 על מכבי ת"א.
בעונה הבאה זנדברג כבר שיחק ברוב המקרים בהרכב וכבש שלושה שערים, כולל צמד לרשת מ.ס אשדוד. בשנתיים שלאחר מכן היה אחד השחקנים המובילים בקבוצה, למרות שהיה ברור כי הוא עדיין לא מממש את מלוא הפוטנציאל שלו. בקיץ 2002 התקבלה במועדון החלטה למכור אותו למכבי חיפה עקב קשיים כלכליים, החלטה שהתקבלה בסערה.
אוהדי הקבוצה פתחו במחאות נגד שחרור נוסף של שחקן צעיר וכשרוני, ואף התרימו כספים בתקווה להשאירו. זנדברג עצמו לא גילה רצון מיוחד לעבור, ובמשחקי גביע הטוטו לפני תחילת העונה עדיין שיחק במדי הקבוצה עקב חילוקי דיעות בנוגע לעסקת ההעברה. הנהלת הפועל המשיכה להתעקש, כולל ציטוט מביש של חבר ההנהלה דני לוי לפיו זנדברג אמור לרצות לעבור לקבוצה כמו מכבי חיפה גם בחינם, ובסופו של דבר הוא אכן נמכר, תמורת 270 אלף דולר.
בלעדיו, ובלי מספר שחקנים חשובים נוספים ששוחררו, נפלה הפועל לתחתית לראשונה מזה שנים ארוכות. זנדברג מצידו כבש באותה עונה 14 שערים, כולל ארבעה לרשת הפועל פ"ת בשלושת המפגשים (נפתח בכרטיסייה חדשה) בין שתי הקבוצות.
הוא שיחק ארבע עונות בחיפה, כשבשלוש האחרונות קבוצתו זוכה באליפות, ומשם המשיך לבית"ר י-ם וזכה עימה בשתי אליפויות נוספות, כשהוא משלים רצף נדיר של חמש אליפויות. בעונת 2009/10, אחרי שלוש עונות במדי בית"ר, עבר להפועל ת"א.
אחרי חצי עונה, במהלכה סבל מפציעה, עבר לבני יהודה. משם המשיך למכבי פ"ת, שם שיחק עונה אחת, ומשם המשיך להפועל חיפה.
בעונת 2012/13 חזר לקבוצת נעוריו הפועל ר"ג ושיחק שם עונה אחת, שהסתיימה עם זכייה בגביע לצד ירידת ליגה. בהמשך שיחק גם בהפועל רמת השרון ובהפועל ראשון לציון, שנתיים בכל אחד, ובעונת 2017/18 חזר פעם נוספת להפועל ר"ג.
עם סיום העונה הודיע על פרישה ממשחק, בגיל 38.
