מוטי בכר החל לשחק בקבוצת הילדים של הפועל פ"ת בגיל 10, ולאחר מכן עקב פציעה עבר להפועל מחנה יהודה שהיתה קבוצת בת של הפועל פ"ת ושם שיחק 4 שנים. לאחר מכן חזר לשחק בהפועל פ"ת הבוגרת בשנת 1975/76.
בעונה זו, שבסיומה ירדה הקבוצה לליגה השנייה, מיעט לשחק עקב פציעה במיניסקוס, אך בעונה שלאחר מכן החל לפתוח בהרכב ברוב המשחקים.
בעונת 1978/79 עלה עם הקבוצה בחזרה לליגה הראשונה, ואף כבש שלושה שערים (למרות ששיחק כבלם), כולל שער בניצחון 2:5 גדול על מכבי חיפה שסלל את דרכה של הקבוצה בדרך לעלייה, ומספרת מרשימה ב-0:5 על הפועל בת-ים. גם בעונה שלאחר מכן כבש שער חשוב, כשהבקיע על סף שריקת הסיום במשחק מול שמשון ת"א וקבע 2:2.
מוטי שיחק בקבוצה עד עונת 1981/82, סה"כ שבע עונות.
