אייל שן גדל במחלקת הנוער של מכבי ת"א, ושיחק בה במשך ארבע עונות, במהלכן לא הצליח לתפוס מקום של קבע בהרכב. לאחר מכן עבר בעונת 2002/03 להפועל כפ"ס, ירד איתה ליגה והמשיך שם עונה נוספת בליגה השנייה.
בתחילת עונת 2004/05 חזר לליגה הראשונה, למדי הפועל פ"ת. ב-13 המחזורים הראשונים פתח בהרכב 11 פעמים, אך לאחר החלפתו של המאמן פרדי דוד בדרור קשטן מיעט לשחק ופתח רק עוד פעם אחת, לצד שלוש פעמים בהן נכנס כמחליף.
בתחילת עונת 2005/06 החל לשחק שוב, כשפתח בהרכב חמש פעמים בשמונת מחזורי הפתיחה, אך חילופי מאמנים שוב היו בעוכריו ומרגע שניר לוין החליף את רפי כהן הוא כבר כמעט ולא ראה דשא. שן ביקש וקיבל שחרור מהקבוצה בסוף דצמבר 2005, ועבר לשורות הפועל באר-שבע מהליגה השנייה ולאחר מכן בהפועל אשקלון מליגת המשנה, איתה הגיע עד למעמד גמר גביע המדינה.
בעונת 2007/08 חזר אייל שן להפועל פ"ת, ולקח חלק בעלייה מהליגה השנייה. הוא המשיך במועדון גם בעונה שלאחר מכן, והיה אחד מהשחקנים היציבים בקבוצה. ביוני 2009, בעיצומו של סבב ריסוק ופירוק נוסף, התבקש שן לקיצוץ של 40% משכרו. צעד זה היווה באופן מעשי פרידה חד-צדדית מהשחקן, שמיהר לחתום שוב בהפועל באר-שבע.
בעונת 200/11 חזר שן לקדנציה נוספת בקבוצה, ושיחק בשורותיה שלוש עונות נוספות. לאחר מכן המשיך לליגות נמוכות יותר ושיחק בעמישב פ"ת ובהפועל אזור.
קישורים:
ההתאחדות לכדורגל (נפתח בכרטיסייה חדשה) - עמוד שחקן
