מכה לא קלה נחתה על הקבוצה בפגרה, לאחר שניר לוין, מלך שערי הקבוצה בחמש העונות הקודמות, חתם בגנט מהליגה הראשונה בבלגיה. עמדות החלוצים הופקדו כעת בידיהם של מני בסון ודני ניראון, שחקנים כשרוניים אך לא סקוררים ברמתו של לוין. בהמשך חוזקה עמדה זו גם ברפי כהן (מה שהוביל להפרדה המתבקשת, "רפי כהן השוער" ו"רפי כהן החלוץ"), ובסטאסיס בראונוסקאס הליטאי - השחקן הזר הראשון בתולדות הפועל פ"ת, שהתגלה כפלופ רציני.
בהגנה שיחקו לסירוגין הצעירים גיא גת ורפעת עודה, ושאר הסגל נשאר דומה לזה שרץ עונה קודם לכן, כולל כמובן המאמן אברהם גרנט שפתח עונה רביעית במועדון.
ניצחון בכפ"ס במחזור הפתיחה לא העיד על העתיד לקרות בארבעת המחזורים הבאים, בהם לא הצליחה הפועל לנצח. דווקא מול מכבי חיפה, שהובילה את הטבלה ערב המשחק, הושג הניצחון השני, גם הוא בתוצאה 1:2.
בשני המשחקים הבאים כשלה הפועל קשות, כשהפסידה בבא"ש ובמכתש מבלי לכבוש. ניצחון 0:1 על בית"ר י-ם במחזור ה-9 החזיר את הקבוצה למסלול, והיא סטתה ממנו שוב כעבור שבוע עם הפסד באותה תוצאה מול בית"ר ת"א משער שנכבש חמש דקות לסיום. מוקדם יותר במשחק זה החמיץ רפי כהן פנדל, החמצה שהצטרפה להחמצות שרשם יוסי שושני בכ"א משני המשחקים הקודמים בדרך להישג המרשים של החטאות בשלושה משחקים רצופים.
כעת, אחרי עשרה מחזורים וכשהיא מדורגת במקום התשיעי, נראה היה שאין סיכוי לשחזר את הריצה בצמרת מהעונה שעברה - אבל מי שמיהר להספיד את הקבוצה מיהר מדי לעשות זאת.
במחזור ה-11 הלך לאיבוד ניצחון מול בני יהודה לאחר ספיגת שער שוויון לקראת הסיום, אבל לאחר מכן מדהימה הגנת הפועל כשהיא שומרת על שער נקי במשך לא פחות משמונה(!) משחקים, מה שמספיק בשביל חמישה ניצחונות ושלוש תוצאות תיקו לאורך תקופה זו.
דווקא במשחק הגביע מול דלית אל-כרמל, שנערך בין אותם משחקים, ספגה הקבוצה שני שערים ועמדה על סף הדחה, אבל בסופו של דבר הצליחה להיחלץ בעור שיניה ולנצח 2:3.
הודות לרצף המשחקים נטולי הספיגה טיפסה הפועל עד למקום השלישי, כשהיא מרוחקת שתי נקודות בלבד ממכבי חיפה שבמקום השני, אבל בני יהודה היתה בעיצומו של רצף ניצחונות והובילה את הטבלה עם שש נקודות יותר מאשר להפועל.
במחזור ה-20 ספג רפי כהן שער ראשון לאחר כ-740 דקות בליגה בהן שמר על רשת נקייה, שער שעלה בהפסד חוץ מול בית"ר י-ם ובהגדלת הפער מהפסגה לשבע נקודות. 0:2 על בית"ר ת"א במחזור הבא שיפר את המצב וקירב את הפועל מרחק ארבע נקודות מבני יהודה, שהמתינה להפועל בשכונה במחזור ה-22 שחתם את הסיבוב השני.
רוני לוי העלה את הכתומים ליתרון, אבל יוסי שושני דאג לשוויון שהשאיר את הקבוצה חזק בתמונה עם הכניסה למשחקי הפלייאוף העליון. רגע לפני דאגה הפועל להישאר גם בתמונת הגביע, עם 0:0 בנתניה שהספיק כדי לעלות לרבע הגמר אחרי 1:1 בפ"ת במשחק הראשון.
שתי שלישיות עם פתיחת הפלייאוף, מול בית"ר ת"א והפועל כפ"ס (עם שלושער של יוסי שושני, מלך שערי הקבוצה בעונה זו), הקפיצו את הפועל למקום השני ערב המחזור ה-25, בו נערך בפ"ת משחק העונה מול המובילה בני יהודה. 9000 אוהדים מילאו כל פינה באיצטדיון, ויצרו אווירה של טירוף מוחלט. בדקה ה-52 הוכרע המשחק לכיוון הלא נכון עם שער ניצחון של חזי שירזי, והפער צמח לשבע נקודות, שבעה מחזורים לסיום.
באמצע אותו שבוע נרשם הפסד נוסף מול בני יהודה, הפעם 2:1 בשכונה במסגרת המשחק הראשון מבין שניים בשלב רבע גמר הגביע, ו-13 דקות לסיום המשחק במחזור הבא, מול מכבי חיפה בקרית-אליעזר, נחתם שבוע שחור - הפועל ספגה שער מרגלי עופר מזרחי שקבע 1:1 אחרי יתרון מוקדם של מני בסון, וסיפור האליפות, כך נראה, הוכרע. בני יהודה הוליכה כעת ביתרון של שמונה נקודות על מכבי חיפה ותשע על הפועל.
נחמה מסוימת הגיעה בגומלין מול בני יהודה, המשחק השלישי בתוך שבוע וחצי בין הקבוצות - אלון חזן ודני ניראון כבשו, ועם ניצחון 0:2 מרשים טיפסה הפועל לשלב חצי הגמר. הפועל קיבלה משחק רדיוס עקב חזיז שנזרק במשחק זה, מה שלא מנע ממנה לנצח את שלושת המשחקים הבאים, כולל הרדיוס מול כפ"ס בר"ג, ולצמצם את הפער מבני יהודה לארבע נקודות כשנותרו שלושה משחקים לסיום, כשהראשון והמכריע הוא בשכונת התקווה מול המוליכה.
רגע לפני משחק העונה מס' 2 התייצבה הפועל לחצי הגמר מול שמשון ת"א מקרקעית הליגה. המחצית השנייה נפתחה עם שער יתרון של רפי כהן, אבל אז חלה התפרקות בלתי מובנת והשמשונים כבשו בתגובה ארבע שערים.
התחמושת אזלה ככל הנראה, והמשחק מול בני יהודה הסתיים ללא שערים וסיים מעשית את הסיפור. ניצחון 1:2 בשבוע הבא על מכבי חיפה הבטיח את המקום השני, אבל בני יהודה ניצחה גם היא וזכתה רשמית באליפות. המחזור האחרון שוחק לפרוטוקול, וסיפק, מעבר לרביעייה לרשת מכבי ת"א, שער ראשון ואחרון לבראונוסקאס במדי הקבוצה.
