מוחמד באדיר שיחק במחלקת הנוער של מכבי פתח תקוה, אליה עבר מהפועל פתח תקוה בגיל 13. בעונת 2013/14 רשם שתי הופעות כמחליף בקבוצה הבוגרת לפני ששוחרר ועבר למ.ס כפר קאסם, אז בליגה השלישית. הוא שיחק שם ארבע עונות, עד עונת 2017/18.
לאחר מכן עבר לעונה בשמשון כפר קאסם ובאדומים אשדוד, גם הן מליגה א', ובעונת 2020/21 שיחק לראשונה בליגה השנייה, במדי הפועל עפולה, אך באמצע העונה חזר לליגה השלישית ועבר למכבי הרצליה.
בקיץ 2021 חתם באדיר בהפועל פתח תקוה, שירדה לליגה א', אך במהרה זכה לשדרוג בלתי צפוי - המועדון נשאר בסופו של דבר בליגה הלאומית לאחר שהפועל איכסל לא עברה בבקרה התקציבית. הקבוצה באותה עונה היתה לא רעה ביחס לציפיות, ובאדיר שותף במרבית משחקי הקבוצה, למעט כמה שהחמיץ בעקבות הרחקה שספג עקב קטטה בסיום משחק.
בעונת 2022/23 המשיך בקבוצה, אך הפעם הופיע בהרכב ב-10 משחקי ליגה בלבד, לצד 11 בהם נכנס כמחליף. הפועל פתח תקוה עלתה בעונה זו לליגת העל, אך באדיר שוחרר עם סיום העונה וחתם בבני שפרעם, העולה הטרייה לליגה הלאומית.
המעבר לשפרעים לא עלה יפה, והקבוצה ירדה ליגה ללא קרב. באדיר שותף ב-20 משחקי ליגה בעונה זו. בעונת 2024/25 שיחק בצעירי טירה מליגה א' דרום, שסיימה במקום ה-14 מתוך 16. בעונת 2025/26 עבר להפועל בקה אל גרבייה מליגה א' צפון.
קישורים:
ההתאחדות לכדורגל (נפתח בכרטיסייה חדשה) - עמוד שחקן
