פנחס שכטר גדל במחלקת הנוער של הפועל פ"ת תחת המאמנים גדעון מרכוס, יששכר שקד, זכריה רצאבי, מיקי שינפלד ואמנון בן-דרור, ועלה לבוגרים בסוף 1979, כשצבי סינגל אימן את הקבוצה.
הוא הפך לשחקן הרכב קבוע לקראת סוף עונת 1982/83 ואף כבש שני שערים, ובעונה שלאחר מכן עלה עם הקבוצה בחזרה לליגה הראשונה, כשהוא כובש ארבעה (כולל אחד בפנדל במשחק העלייה מול הפועל חולון במחזור הסיום שהסתיים בניצחון 0:3). לאחר מכן הוא המשיך עוד שנה בליגה הראשונה, כשהוא משחק ברוב המשחקים והקבוצה מסיימת במקום השישי מתוך 16, הישג נאה עבור קבוצה שרק חזרה מגלות בליגה השנייה.
הוא שיחק גם בשני מחזורי הפתיחה של עונת 1985/86, ובאמצע העונה עבר להפועל מרמורק, שם שיחק שנתיים ולאחר מכן פרש מכדורגל כשהוא בן 26, מכיוון שהחליט שעתידו המקצועי אינו בכדורגל.
משנת 1991 החל לעבוד כחוקר פרטי, ובהמשך ניהל משרד חקירות בת"א.
