עמירן שקלים החל את הקריירה במחלקת הנוער של מכבי ת"א, ושותף במשחקי גביע הטוטו של הקבוצה הבוגרת, אך בסופו של דבר לא השתלב במועדון והושאל בעונת 2008/09 להפועל כפ"ס מהליגה השנייה.
שקלים חתם בהפועל פ"ת באמצע עונת 2009/10, והמשיך גם לעונה הבאה. בהמשך העשור עזב את הקבוצה וחזר אליה מספר פעמים - וסה"כ השלים חמש עונות במדיה בין 2011 ל-2018, עם הפוגות בהפועל ראשל"צ (2012), מ.ס אשדוד (2014) והפועל רמה"ש (2017). הוא השחקן שרשם הכי הרבה הופעות במדי הקבוצה בעשור זה, שהתאפיין בחוסר יציבות קיצוני והחלפת מרבית הסגל על בסיס קבוע.
בעונת 2018/19 חתם בהפועל ת"א, שחזרה לליגת העל אחרי עונה אחת בליגת המשנה. בסיום העונה הודיע על פרישה מכדורגל, בגיל 31. באמצע עונת 2019/20 מונה כחבר דירקטריון בהפועל פ"ת.
קישורים חיצוניים:
ויקיפדיה (נפתח בכרטיסייה חדשה) - עמירן שקלים
ההתאחדות לכדורגל (נפתח בכרטיסייה חדשה) - עמוד שחקן
ידיעות פ"ת (נפתח בכרטיסייה חדשה) - עמירן שקלים פרש מכדורגל (יוני 2019)
מלאבס (נפתח בכרטיסייה חדשה) - עמירן שקלים ימונה כחבר בדירקטוריון הפועל פתח תקוה (פברואר 2020)
