יעקב כליפה גדל בהפועל קרית אונו, ובגיל עשרים, בעונת 1971/72, עבר להפועל פ"ת. עונת הבכורה שלו היתה מוצלחת למדי, והוא השתלב מיד בהרכב הקבוצה וכבש ארבעה שערים.
עונת 1972/73 היתה פחות מוצלחת - הוא כבש שער בודד ב-0:4 על הפועל ב"ש, ואחרי משחק גביע מול מכבי יפו בו הוחלף במחצית איבד את מקומו בהרכב והחליט לפרוש.
הפרישה החזיקה מעמד עד לאמצע עונת 1973/74, ואחרי שמונה חודשים בהם לא שיחק ואימן בנוער של קרית אונו, הגיע הקאמבק במחזור ה-15 מול בני יהודה. כליפה, שעלה בהרכב במקום יעקב רובינשטיין שנסע לירח דבש באילת, חזר בגדול עם שער ניצחון בדקה ה-75 (1:2).
הוא המשיך בקבוצה גם בעונת 1974/75, בה פתח בהרכב ב-15 מתוך 30 משחקי ליגה וכבש שלושה שערים, ובסיום עונה זו עזב את הקבוצה וחזר לקרית אונו.
