שוקי נגר גדל במחלקת הנוער של בני יהודה, שם שיחק במשך שלוש עונות. בעונת 1998/99 עבר למכבי חיפה, איתה זכה להגיע עד לרבע גמר גביע המחזיקות, אך לאחר שנתיים, בעונת 2000/01, חזר לקבוצת נעוריו וירד איתה לליגת המשנה.
אחרי הירידה המשיך נגר אל הפועל ב"ש, שם שיחק כשנתיים. בעונתו השנייה העפיל איתה עד למעמד גמר גביע המדינה, שם הפסידה ב"ש להפועל ר"ג. לאחר מכן המשיך נגר בנדודיו, ושיחק באשדוד, מכבי ת"א, בני סכנין והכח ר"ג.
בתחילת עונת 2007/08 חתם שוקי בהפועל פ"ת של אורי מלמיליאן, שעונה קודם הדריך אותו בהכח, וסיכם בה לשנתיים. זו היתה לו העונה הראשונה בקריירה בליגה השנייה. בסיום העונה עלתה הפועל לליגה הראשונה, וזכתה בגביע הטוטו של הליגה הלאומית. נגר כבש שער ניצחון בחצי הגמר, שער שהוגדר על ידי האוהדים שנכחו במגרש כהתגלות אלוהית.
נגר פתח גם את עונת 2008/09 בהפועל, אך מיעט לשחק ובסופו של דבר חזר אל הליגה השנייה וחתם במכבי הרצליה. בקיץ שלאחר מכן חזר נגר להתאמן עם הפועל פ"ת, אך נדרש לקצץ חמישים אחוז משכרו ונשלח לרוץ מסביב למגרש (נפתח בכרטיסייה חדשה) ע"י חבר עמותת הניהול, דני ליצן לוי. בסופו של דבר חתם בהפועל אשקלון.
