קובי נכטיילר עלה לבוגרים של הפועל ת"א בסוף שנות ה-90, אבל לאחר שלא הצליח להשתלב נאלץ לרדת בעונת 1999/2000 למכבי שעריים מהליגה השלישית. לאחר מכן התקדם לליגה השנייה, שם שיחק במדי בית"ר בא"ש, ובעונת 2001/02 הצטרף להפועל פ"ת.
הוא לא הרבה לשחק בעונה זו – ב-33 משחקי ליגה פתח בהרכב 10 פעמים ונכנס כמחליף פעמיים נוספות – ועם סיום העונה שוחרר. לאחר מכן שיחק בהפועל כפ"ס ובאוסנאברוק מהליגה השנייה בגרמניה, בילה שנתיים נוספות בנצרת עילית ובעונת 2006/07 חתם בקבוצת וואסלוי מהליגה הראשונה ברומניה. לקראת סיום העונה נפצע בגבו ונאלץ לפרוש מכדורגל (נפתח בכרטיסייה חדשה).
